En 1983 se traslada a Basilea, donde obtiene el diploma en Música Antigua. En 1985 gana el Concurso Internacional de Brujas, el Concurso de órgano ‘Paul Hofhaimer’ en Innsbruck al año siguiente y en 1991 el Concurso de Clave de Bolonia. Desde entonces, desarrolla una intensa actividad concertística en los más prestigiosos auditorios y festivales europeos, como director y como solista de órgano y clave.

En 1997 fundó la Orchestra Barocca di Venezia, con la que ha actuado en los Proms del Royal Albert Hall y en el Barbican Centre de Londres, Konzerthaus Berlin, Concertgebouw Amsterdam, Théâtre des Champs Elyseès y Théâtre Châtelet de París, Konzerthaus y Musikverein de Viena, Tonhalle de Zúrich, Opera City Hall y Kyoi Hall de Tokio, Izumi Hall de Osaka, Carnegie Hall y Alice Tully Hall–Lincoln Center de Nueva York, Kennedy Terrace Washington, etc. Ha dirigido producciones de ópera barroca como L’Orione de Francesco Cavalli, Siroe de Händel, Tito Manlio y Atenaide de Vivaldi, L’Olimpiade de Cimarosa y de Baldassarre Galoppi, además de las serenatas Il trionfo della poesia e della musica, La morte di Adone de Marcello e Il vespro di Natale de Monteverdi.

En calidad de director invitado ha estado al frente de importantes formaciones: las orquestas filarmónicas de Berlín, Bremen y Essen, las sinfónicas de Lucerna y Montecarlo, las orquestas de la radio de Colonia, Frankfurt, Hannover, Berlín y Holandesa, Kammerakademie Potsdam, Ensemble Oriol Berlin, Orchestre de Chambre de Genève, Mahler Chamber Orchestra, así como las orquestas de los teatros de ópera de Frankfurt, Los Ángeles y Basilea, y las principales orquestas españolas, entre muchas otras. Además, ha sido director artístico y titular de la Orquesta Ciudad de Granada.

Tiene en su haber más de 50 grabaciones discográficas como director y como solista, contando con numerosos premios: Premio Internazionale del Disco Vivaldi per la Musica Antica Italiana (Fundación Cini de Venecia), Diapason d’Or, Preis der Deutschen Schallplatten Kritik –en cinco ocasiones-, ECHO Preis de la crítica alemana, premio EDISON de la crítica holandesa, el premio de la crítica ‘Premios Líricos Teatro Campoamor’ por la mejor dirección musical de la temporada de ópera 2009/10 (Ariodante), entre muchos otros. En 1999 firmó junto a la Orchestra Barocca di Venezia un contrato en exclusiva para la discográfica Sony Classical y, desde 2004, graba para Deutsche Grammophon con esta orquesta y con La Cetra Barockorcherter Basel.

Andrea Marcon desarrolla también una intensa labor pedagógica en seminarios y cursos de perfeccionamiento por toda Europa, además de formar parte del jurado de diferentes concursos internacionales. Actualmente, es profesor en la Schola Cantorum Basiliensis (Suiza) y en el Mozarteum de Salzburgo (Austria).