Fue creada en 1983 con el propósito de formar al más alto nivel a músicos españoles en la etapa previa al ejercicio de su profesión. Su objetivo prioritario es el perfeccionamiento profesional y artístico de sus músicos a través del estudio y la práctica del repertorio universal sinfónico y de cámara, por medio de la celebración de varios encuentros anuales. Estos encuentros son tutelados por profesores y dirigidos por directores de reconocido prestigio nacional e internacional, y culminan con la celebración de giras de conciertos, la participación en proyectos diversos y la grabación de un ya extenso catálogo de CD y DVD.

La JONDE ha contado con directores invitados como C.M. Giulini, V. Petrenko, G. Noseda, Ch. Hogwood, F. Biondi, J. L. López-Cobos, C. Mena, J. Pons, A. Ros Marbá, R. Frühbeck de Burgos, A. Zedda, G. Pichler, L. Köhler, C. Halffter, K. Penderecki y colaborado con solistas como Mstislav Rostropovich, John Williams, Teresa Berganza, Juan Diego Flórez, Manuel Blanco, María Bayo, Pablo Sainz Villegas, Rafael Orozco o Asier Polo, entre otros.

La JONDE se ha presentado en numerosos auditorios y festivales españoles (Santander, Granada o Cuenca) y en las temporadas de la Orquesta Nacional de España, la Orquesta Sinfónica de Barcelona y la Orquesta Filarmónica de Gran Canaria. La proyección en el extranjero de la JONDE ha abarcado giras por Bélgica, Francia, Alemania, Italia, Reino Unido, Austria, Portugal, Luxemburgo, Holanda, Rusia, Ucrania, Estonia, Rumanía, Hungría, Estados Unidos, Venezuela y República Dominicana, actuando en salas de conciertos como el Carnegie Hall, el Royal Albert Hall, el Concertgebouw de Ámsterdam, Théatre des Champs Elysées, la Filarmónica y el Konzerthaus am Gendarmenmarkt de Berlín, la Filarmónica de San Petersburgo, el Radio Kulturhaus de Viena y el Ateneo Rumano de Bucarest. Así mismo, la JONDE ha sido invitada a festivales internacionales en Reino Unido, Alemania, Francia o Venezuela.

A lo largo de su trayectoria, la Joven Orquesta Nacional de España ha desarrollado numerosos proyectos complementarios a su actividad principal y participa en programas de intercambio de músicos, especialmente a través de la European Federation of National Youth Orchestras (EFNYO) y el Programa Iberorquestas Juveniles. Actualmente la JONDE mantiene una colaboración con la Fundació de Música Ferrer-Salat, para difundir anualmente el Premio Reina Sofía de Composición Musical y desarrollar un importante programa de becas para los jóvenes músicos de la JONDE. Desde 2020 la directora artística de la JONDE es la violinista y pedagoga española Ana Comesaña.